A podridão de estacas pode ser causada por Cylindrocladium spp., Rhizoctonia solani, Fusarium spp., Botryosphaeria ribis e Colletotrichum sp. Essa doença foi problemática quando se utilizava macroestacas provenientes de macrojardim clonal em condiçõesde campo. Com a evolução dos jardins clonais em campo para os minijardins clonais, tem-se verificado reduções na ocorrência desta doença devido à utilização de soluções nutritivas e fertirrigações sistemáticas, que permitiram melhor estado nutricional das miniestacas em relação às macroestacas e ao uso deareia e substratos inertes no processo de produção em vez de solo,que é fonte de propágulos.Na maioria das vezes, a ocorrência de podridão em miniestacasse deve a desequilíbrios nutricionais e não ao ataque de patógenos. Um nutriente que está bastante associado a estas podridões é o cálcio, quando em deficiência.
O sintoma da podridão é caracterizado por uma lesão escura na base da estaca, a qual progride para o ápice, causando morte das gemas e impedindo o enraizamento. Podem ser encontradas as estruturas dos diferentes patógenos relacionados à doença: frutificações branco-cristalinas de Cylindrocladium, estruturas marrom-avermelhadas de Fusarium, pontuações escuras (picnídios) de B. ribis ou acérvulos de Colletotrichum com ou sem massa alaranjada.
Quando é causada por patógenos, recomenda-se o uso de hipoclorito de sódio e/ou fungicidas nos materiais envolvidos na produção de estacas, ou seja, as estacas, as caixas e os recipientes devem ser tratados, e a casa de vegetação, após um ou dois ciclos, receber tratamento com hipoclorito de sódio e sulfato de cobre. No entanto, se a podridão de miniestacas estiver associada à carência de cálcio, sugere-se a aplicação foliar de cloreto de cálcio na dose de 3 a 5 g/L.
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